Биология ғылымдарының кандидаты В.П.Голоскоковтың деректері бойынша Жоңғар Алатауы аумағында 112 тұқымдастыққа, 622 туыстыққа жіктелетін 2168 түрлі өсімдіктер кездеседі, оның ішінде тек осы жотада ғана кездесетін 76 эндемик түр бар. Парк аумағында осының 75% кездеседі, ол 1600-ден астам өсімдік түрі. Бірақ бұл нақты көрсеткіш емес, себебі бүгінгі таңда парк ғылыми қызметкерлерімен В.П.Голоскоковтың тізіміне енбеген ареалы бойынша біздің экожүйеге келетін өсімдіктер табылуда. Бұл мәліметтер парк аумағындағы флора қауымдастығының бай әрі алуантүрлі екендігін көрсетеді.
Парк аумағында таралған өсімдіктердің таксономиялық тізімі 845 түрді құрайды. Оның ішінде төменгі сатыдағы өсімдіктер, яғни балдырлар 28 тұқымдастық, 33 туыстық, 74 түр. Ал 771-і жоғары сатыдағы түтікшелі өсімдіктер, олар өз ішінде 84 тұқымдастық, 320 туыстыққа жіктеледі. Эндемик түрлер саны 56, ал Қазақстанның Қызыл кітабына енген сирек түрлердің саны 26. Сонымен қатар тізімі толықтырылып түгенделген реликт өсімдіктер саны 13.
Өсімдіктер қауымдастығы биіктік белдеуі бойынша ерекшеленіп отырады.
Sorbus tianschanica Rupr.
Juniperus sibirica Burgsd.
Dryopteris filix-mas (L.) Schott
Dianthus hoeltzeri auct. (D.superbus L.)
Delphinium dasуanthum Kar. Et Kir
Aconitum leucostomum Worosch.