Жоңғар Алатауы МҰТП аумағында сүтқоректілердің 7 отрядқа, 16 тұқымдастыққа жіктелетін 49 түрі, құстардың 16 отрядқа, 44 тұқымдастыққа жіктелетін 170 түрі, омыртқасыздардың 2 типке, 12 отрядқа, 71 тұқымдастыққа жіктелетін 661 түрі кездеседі.
Соның ішінде Қазақстан Республикасының Қызыл кітабына енген сүтқоректілердің 6 түрі, құстардың 13 түрі, омыртқасыздардың 7 түрі енгізілген.
Spermophilus undulatus
