«Жоңғар Алатауы» мемлекеттік ұлттық табиғи паркі республикалық мемлекеттік мекемесі Қазақстан Республикасы Үкіметінің арнайы №370 қаулысы бойынша 2010 жылы 30 сәуірінде құрылған. Жоңғар Алатауы МҰТП әкімшілік тұрғыдан алғанда Алматы облысының Ақсу, Алакөл және Сарқан аудандарын қамтиды, жалпы жер көлемі 356022 га оның ішінде қаумалдардың ауданы 283900 га. Парк құрамында 3 филиал – Сарқан, Лепсі, Алакөл филиалдары мен Лепсі, Тоқты мемлекеттік табиғи (зоологиялық) қаумалдары орналасқан. Парк Жетісу Алатауының солтүстік жотасының батысынан шығысына дейін 300 км созылып жатыр. Теңіз деңгейінен 4622 м биіктікте Семенов-Тянь-Шанский шыңы орналасқан.
Парк аумағының 1,05 пайызын Сиверс алмасының жабайы жемісті орманы алып жатыр. Сиверс алмасы барлық мәдени алма сорттарының арғы тегі болып табылады және ғаламдық маңызы бар жемісті ормандардың бірегей агробиоалуантүрлілігін сақтап қалып, өсімін молайту үшін ерекше қорғауды талап етеді.
Ұлттық парктің негізгі бағыттарының бірі – экологиялық туризмді дамыту. Қазіргі уақытта парк аумағында 11 туристік маршрут, 2 экологиялық соқпақтардың паспорттары әзірленген және жұмыс істейді. Жалпы туристік маршруттардың ұзындығы – 1615,95 км, соның ішінде жаяу-атты жүріп өтілетін бөлігі – 249,95 км автокөлік жолы – 1366 км қашықтықты құрайды.
№ 1 Туристтік маршрут «Этнографиялық тур» (Жоңғар Алатаудың тарихи жерлерімен);
№ 2 Туристтік маршрут «Төменгі Жасылкөл»;
№ 3 Туристтік маршрут «Ғылыми-танымдылық туры» (Нақты жабайы тұқымды кешенді Сиверс алма ағашының өсетін жерлерімен);
№4 Туристтік маршрут «Шумский мұздығы»;
№5 Туристтік маршрут «Жоғарғы Жасылкөл»;
№6 Туристтік маршрут «Сарқан орман тұқымбағы»;
№7 Туристтік маршрут «Лепсі орман тұқымбағы»;
№8 Туристтік маршрут «Карбушка және оның әсемдігі»;
№9 Туристтік маршрут «Черная речка» шатқалы;
№10 Экологиялық соқпақ «Щеки»(Лепсі және Ағынықатты өзендерінің біріккен сағасы);
№11 Экологиялық соқпақ «Көкжар» ;
№12 Туристтік маршрут «Аттапқан» шатқалы;
№13 Туристтік маршрут «Жамантас» шатқалы.